Politik domestik kedua-dua negara akan terkesan oleh peristiwa ini, yang kelihatan ditangani dengan berhati-hati oleh kedua-dua Kuala Lumpur dan Manila.
Filipina akan menghadapi pilihan raya umum tidak lama lagi, dan telah banyak bacaan berhubung permainan politik antara faksi di negara itu dijelaskan.
Kaitan antara bekas Presiden Gloria Macapagal-Arroyo dengan Jamalul Kiram III, yang bertanding dalam pilihan raya 2007 mewakili parti Arroyo dijadikan satu asas konspirasi peranan Arroyo.
Kaitan ini walau bagaimanapun dikritik sebagai konspirasi oleh pihak Presiden Benigno Aquino untuk memburukkan seteru politiknya itu.
Tetapi, Arroyo menunjukkan kaitan tersebut bukan hanya melibatkan Jamalul Kiram, tetapi juga Nur Misuari - pemimpin satu kumpulan Moro yang menunjukkan sokongan kepada pihak penceroboh - yang pernah diajak untuk menyertai pilihan raya di bawah tiket parti Arroyo, walaupun tujuan sebenarnya mencetus spekulasi.
Manila kini menghadapi tekanan ekoran perhatian yang kembali diberikan pada isu tuntutan Sabah, terutama apabila pemerintah dilihat berlembut terhadap tindakan Malaysia menyerang penceroboh yang berasal dari Filipina.
Tekanan ini dipercayai mendorong Manila mempertimbangkan usaha untuk membawa tuntutan ini ke Mahkamah Keadilan Antarabangsa, ICJ.
Di Malaysia, yang juga sedang melalui hari-hari terakhir mandat diperolehi sejak Mac 2008, hal berkaitan pilihan raya juga mendapat perhatian rapi semua yang terlibat dalam politik, sehingga menjadi berlebih-lebihan.
Naib Presiden PKR, Tian Chua awal-awal lagi telah mengeluarkan kenyataan yang mencetus provokasi, mengaitkan dengan mudah Umno dengan konflik Lahad Datu, walaupun kemudian beliau cuba menjarakkan diri daripada laporan media rasmi parti itu.
Pelbagai spekulasi dan kritikan dibuat untuk mengaitkan musuh politik dengan kejadian di Lahad Datu, walaupun kaitan yang jelas tidak dapat dikemukakan, mendedahkan amalan politik terkini yang buruk dan tidak berakhlak.
Walau bagaimanapun, Datuk Seri Anwar Ibrahim perlu memberi jawapan lebih jelas dan teratur terhadap beberapa persoalan berhubung isu ini, tanpa mengalih perhatian dengan memarahi wartawan dan secara mudah menyimpulkan semuanya sebagai rancangan Umno.
Hal ini lebih-lebih lagi disebabkan laporan awal mengaitkan pembangkang dengan kumpulan tersebut diterbitkan oleh agensi berita Reuters dan bukan mana-mana media Umno.
Anwar dikait dengan kejadian pencerobohan ekoran lawatan wakil PKR, Tian Chua dan R Sivarasa ke Manila tidak lama sebelum kejadian.
Banyak pihak juga telah memberi ulasan dan kritikan pada tahap operasi, yang sepatutnya tidak dibuat oleh pihak yang tidak berkepakaran dan tidak berada di lapangan dan terlibat dengan operasi.
Jelas sekali pelbagai dakwaan telah dibuat semata-mata untuk memburukkan pihak musuh politik, yang dalam kes ini ialah pihak pemerintah, khususnya menteri-menteri hal ehwal dalam negeri dan pertahanan.
Kritikan-kritikan yang dilihat mendedahkan sikap yang didasari pemahaman bahawa parti pemerintah dan pihak berkuasa polis dan tentera sebagai satu entiti yang sama, pemahaman yang sama dipegang sebahagian besar pemimpin dan penyokong parti pemerintah sejak sekian lama.
Pihak penentang parti pemerintah, yang mendakwa membawa satu pemahaman dan amalan politik yang baharu sewajarnya bersikap lebih matang dalam hal melibatkan keselamatan negara ini, dan tidak meremehkan dan memperlekeh dengan sewenang-wenang.
Pemerintah walau bagaimanapun tidak boleh dikecualikan terus daripada menanggung sebarang akibat pencerobohan kedaulatan negara ini, yang memerlukan satu siasatan mendalam menjelaskan bagaimana pencerobohan dapat dilakukan dan lengkap dengan kelengkapan senjata.
Kes ini juga menuntut dasar sempadan dan kerakyatan melibatkan kawasan seperti Sabah dinilai semula dengan lebh mendalam untuk mengelakkan kejadian seperti ini dan komplikasi lain pada masa akan datang.
Dari sudut politik domestik, peristiwa di Lahad Datu telah memberi pelbagai kesan kedua-dua pihak pemerintah dan pembangkang, melibatkan penangguhan siasatan pemberian kad pengenalan di Sabah dan kemungkinan pilihan raya di Sabah ditangguh jika darurat, yang boleh memberi implikasi negatif kepada kedua-dua BN dan PR.
Di pihak PR, Perdana Menteri Datuk Seri Mohd Najib Abdul Razak didakwa akan menangguhkan lagi pilihan raya ke-13 disebabkan perkembangan di Sabah, negeri yang menjadi medan perebutan sengit BN dengan PR.
Seorang pemerhati asing, Luke Hunt, yang sering mengulas perkembangan politik Malaysia (termasuk laporan sensasi Anwar memberi laluan kepada anaknya Nurul Izzah), juga membuat andaian tersebut dalam tulisannya di laman The Diplomat.
Operasi bersenjata yang masih berterusan di Sabah menimbulkan pelbagai kemungkinan dan implikasi kepada politik negara, dan ini menuntut tindakan rasional semua pihak terbabit, sama ada pihak pemerintah dan juga pembangkang.
Asean juga bakal terkesan oleh insiden di Sabah ini, wilayah strategik kaya sumber hidrokarbon yang terletak berhampiran kawasan pertikaian Laut China Selatan dan di tengah-tengah antara China dan Australia.
Malaysia yang kini memberi tumpuan kepada Asean dalam hubungan luarnya mempunyai kepentingan untuk insiden ini tidak merebak dan mencetuskan hal-hal lain yang tidak diingini, terutama melibatkan hubungan dengan Filipina, negara jiran yang juga ahli Asean.
Asean kini berada dalam posisi penting melibatkan geopolitik baharu rantau sebelah sini, yang sedang menyaksikan persaingan kuasa besar Amerika Syarikat dengan China dan pertikaian yang melibatkan kedua-dua kuasa tersebut.
Walau apapun kelemahan Asean, ia tetap berpotensi menjadi platform penting yang diperlukan oleh negara-negara anggota dan kuasa besar yang berkepentingan di rantau ini.
